Il Comitato Tecnico Scientifico (CTS) é l'organismo di consulenza e di supporto tecnico-scientifico all'attività clinica e di ricerca del Consiglio di Indirizzo e Verifica dell'Istituto. Il CTS è nominato dal Consiglio di Indirizzo e Verifica, sulla base di quanto stabilito nella Conferenza Stato - Regioni del 01/07/2014, ed è composto da 8 membri: quattro responsabili di dipartimento, un medico dirigente, un dirigente delle professioni sanitarie e due esperti esterni
Il Direttore Scientifico è il Presidente del CTS e il Direttore Sanitario vi partecipa di diritto. I componenti del CTS restano in carica per una durata non superiore a quella del Direttore Scientifico. Qualora un componente del CTS cessi di svolgere il suo ruolo, sarà sostituito per il periodo residuo del mandato. Il CTS viene informato dal Direttore Scientifico sulle attività dell'Istituto e formula pareri consultivi e proposte sui programmi e sugli obiettivi scientifici e di ricerca dello stesso, nonché in via preventiva, sulle singole iniziative di carattere scientifico