L'Istituto assume il modello dipartimentale quale strumento organizzativo portante per raggiungere il massimo grado di flessibilità e di integrazione nell'attività aziendale. La "missione specifica" di ricerca traslazionale si riflette anche sul piano organizzativo dove ciascuno dei dipartimenti, è costituito dall'aggregazione di unità operative assistenziali e di ricerca. L'obiettivo principale dei dipartimenti è infatti la convergenza di competenze di varie unità operative per consenti re la più stretta integrazione tra attività di ricerca scientifica ed attività clinico-assistenziale
I Dipartimenti sono di due tipi: gestionali e funzionali. Il modello di funzionamento prescelto massimizza l'organizzazione a matrice fra i dipartimenti gestionali e funzionali,ritenendola più innovativa ed efficace rispetto alle tradizionali forme organizzative. Particolari connotati assume il Dipartimento delle Professioni Sanitarie (ex art. 8 LR Marche 13/03}
Il governo del Dipartimento gestionale è assicurato dal Direttore del Dipartimento,dal Comitato,organo collegiale presieduto dal Direttore e dall'Assemblea del Dipartimento. I Direttori di Dipartimento gestionale sono nominati dal Direttore Generale, individuati su una terna, proposta dal Comitato di Dipartimento tra i Dirigenti delle strutture complesse afferenti al Dipartimento. Il governo del Dipartimento funzionale è assicurato dal Coordinatore e dal Comitato di Programma
| Unità Operative del Dipartimento | |
| Cardiologia / UTIC / Telemedicina / Centro di Ricerca per le Malattie Cardiovascolari dell'Anziano | |
| Medicina Interna | |
| Pronto Soccorso | |
| Neurologia / Centro Alzheimer / Stroke Unit / Centro Ricerca per le Patologie Neurologiche dell'Anziano | |
| Pneumologia | |
| Nefrologia e dialisi | |
| Diabetologia e Malattie Metaboliche | |
| Clinica Medica e Geriatrica | |
| Cardiologia Interventistica | |
| Patologia Geriatrica Oncologica | |
| Gastroenterologia ed Endoscopia Digestiva |
Unità Operative del Dipartimento
| Chirurgia Generale | |
| Dermatologia / Centro di Ricerca Dermatologica Geriatrica | |
| Anestesia | |
| Urologia | |
| Odontostomatologia |
Unità Operative del Dipartimento
| Geriatria |
| Recupero e Riabilitazione |
| Cardiologia Riabilitativa |
| Percorsi Clinici Integrati Dermatologici con Area Vasta e Territorio |
Unità Operative del Dipartimento
| Pneumologia | |
| Pneumologia Riabilitativa / | Centro di Ricerca Patologie Toraco-Polmonari |
| Cardiologia Riabilitativa | |
| Laboratorio Analisi | |
| Radiologia | |